Habitatdirektivet
Habitatdirektivets formål er at beskytte arter og naturtyper, der er karakteristiske, truede, sårbare eller sjældne i EU. Beskyttelsen i direktivet består i hovedtræk af en områdebeskyttelse af naturtyper og levesteder for bestemte arter (inden for udpegede habitatområder) og af en særlig artsbeskyttelse, der gælder for bestemte arter. De arter, der er omfattet af artsbeskyttelsen, fremgår af direktivets bilag IV - de såkaldte bilag IV-arter. Beskyttelsen af bilag IV-arterne gælder overalt.
I habitatområderne skal landene endvidere virke aktivt for at sikre eller genoprette en gunstig bevaringsstatus for de forskellige arter og naturtyper, som området er udpeget for. Det sker gennem realisering af de kommunale Natura 2000-handleplaner.
Fuglebeskyttelsesdirektivet
Fuglebeskyttelsesdirektivet har bl.a. til formål at beskytte levestederne for fuglearter, som er sjældne, truede eller følsomme over for ændringer af levesteder i EU. Det gælder både for områder, hvor disse fugle yngler, og for områder, som fuglene regelmæssigt gæster for at fælde fjer, raste under trækket eller overvintre. Hvert enkelt fuglebeskyttelsesområde er udpeget for at beskytte bestemte fuglearter.
Ramsarkonventionen
Danmark har endvidere tiltrådt Ramsarkonventionen om beskyttelse af vandområder af international betydning, især som levesteder for vandfugle. Ramsarområderne i Danmark ligger alle inden for fuglebeskyttelsesområderne og er derfor også en del af Natura 2000-netværket. Ramsarkonventionen forpligter til at fremme beskyttelsen af de udpegede områder.